파도 위를 떠돌던 해적단은 마젠토스의 상선을 포착한다. 해적 두목 콘라드의 지휘 아래, 마젠토스의 노예무역선이 항복한다. 해적단의 이인자인 비르반토는 어차피 노예무역의 희생양이 되었을 사람들을 팔아 수익을 남기자고 주장하지만, 콘라드는 오히려 노예무역선의 함장을 처단하고 나머지 사람들을 풀어준다.

이로써 알리는 자유를 되찾고 해적단의 형제가 된다. 무리가 늘어난 해적단은 기세등등하게 다시 돛을 펼친다.

해적단은 배를 정비하기 위해 우연히 발견한 섬에 정박한다. 그곳은 수확제 분위기가 달아오른 플로리아나. 해적들은 섬사람들 사이에 어우러져 춤추며 잠시나마 육지 위의 행복을 만끽한다. 콘라드는 메도라라는 한 소녀에게 한눈에 반한다. 메도라 역시 파도를 호령한다는 콘라드에게 매력을 느낀다. 두 사람 사이에 애정의 꽃봉오리가 피어오르려는 찰나, 마젠토스의 왕이 플로리아나로 행차한다. 마젠토스의 왕은 노예무역선을 잃어 생긴 손해를 메꾼다는 핑계로 플로리아나 사람들로부터 공물을 탈취하고, 메도라와 그의 친구들을 납치해간다. 이에 콘라드의 해적단은 메도라와 친구들을 구출하러 가기로 결의한다.

구출 작전에 성공한 해적단은 메도라와 친구들을 그들의 본거지인 해적섬 드라코노보로 데려온다.

해적섬의 모두가 메도라와 친구들을 반갑게 맞이한다. 콘라드는 메도라에게 달콤한 사랑을 표하고, 알리는 해적단에 의리를 맹세한다.

한편, 부에 눈이 멀고, 알리와 콘라드의 우애를 시기하게 된 비르반토는 해적단을 배반하고 마젠토스의 왕과 한편이 된다. 비르반토는 마젠토스의 군사를 이끌고 해적섬을 침투한다. 비르반토가 잠입해 콘라드를 살해하려 하지만, 이를 간파한 알리가 콘라드의 목숨을 구한다. 콘라드는 비르반토에게 해적단 형제의 맹세를 상기시키고자 하지만 회유에 실패한다. 콘라드는 결국 배신자 비르반토를 향해 최후의 방아쇠를 당긴다.

배반의 쓰라림을 다독이는 양, 또다시 태양이 떠오른다. 콘라드의 해적단은 메도라, 알리와 함께 검은 돛을 펼치고 새로운 모험을 향해 나아간다.